个体工商户与有限公司在法律性质、责任承担及税务处理等方面存在显著差异。个体工商户作为自然人经营的企业形态，承担无限责任，即其个人财产与经营风险不分离。例如，若个体工商户开设的网店仓库发生火灾，导致整栋楼损毁，其需以个人全部资产进行赔偿，包括但不限于变卖房产、车辆等。
与之相对，有限公司作为法人实体，其责任限于注册资本。以注册资本100万元为例，即使公司遭受重大损失，也仅需承担最高100万元的赔偿责任。
就工商登记而言，年营业额超过10万元的企业必须进行工商登记。至于选择登记为个体工商户还是有限公司，由企业主自行决定，工商部门不强制干预。若未登记而遭受查处，企业主将面临缴纳个人所得税的后果，税率最高可达35%。若企业拥有多个店铺，其总营业额累计超过10万元，亦需进行登记。
个体工商户与有限公司均分为小规模纳税人和一般纳税人两种类型。首先，针对小规模纳税人，若企业年营业额不超过180万元，可享受免税政策，即每月营业额不超过15万元，每季度不超过45万元。然而，此免税政策仅针对增值税普通发票，不包括增值税专用发票。其次，关于企业所得税，仅适用于有限公司，个体工商户不涉及。企业所得税的计算方法为扣除成本、推广费用、运费佣金等，目前优惠政策为：年利润总额100万元以下的企业仅需缴纳2.5%的税率；100万至300万元的企业按10%缴纳；超过300万元的企业则按25%缴纳。个体工商户需缴纳个人经营所得税，税率为5%至35%。许多个体工商户为了降低税负，会采取降低利润的方法，如增加员工数量、报销费用等。
就税收政策而言，虽然年营业额超过10万元的企业需进行工商登记，但实际上电商平台并未强制要求所有企业进行工商登记和纳税。电商行业税收管理尚不严格，许多卖家缺乏进项发票，互联网上下游产业亦存在不规范现象。例如，淘宝平台对税收管理较为宽松，仅在天猫平台有申请发票的情况下才进行纳税。多多平台亦如此。若税务局进行查账，企业进行0申报，若账面无问题，但若按照支付宝后台流水核对，则99%的卖家存在虚假繁荣现象。企业可能需补缴增值税、企业所得税、罚款及滞纳金，甚至补单的也要纳税。
总之，个体工商户与有限公司在法律性质、责任承担及税务处理等方面存在显著差异。企业主在选择经营模式时应充分考虑自身实际情况，以确保合法合规经营。
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